通过在DS平台中进行分子动力学模拟，评估了RdRp-配体配合物在动力学条件下的稳定性。利用SARS-CoV-2和HCoV-NL63 RdRp与LibDock模块获得的法匹拉韦和瑞德西韦的分子对接复合物获得初始构象。在300 K的恒定温度下进行模拟的总时间为1000 ps，并以每20 ps的时间间隔记录50个构象的RMSD值。首先将配合物分别在50 K的初始温度下加热和平衡4 ps和10 ps，然后达到生产（模拟）步骤的最终温度300 K。
法匹拉韦（Favipiravir）的分子动力学模拟在SARS-CoV-2中的数据
将SARS-CoV-2和HCoV-NL63 RdRp结构的50个构象及其与法匹拉韦和瑞德西韦的配合物与总模拟时间的RMSD值进行绘制，以分析其RMSD值的复合物稳定性。SARS-CoV-2 RdRp主链原子的构象及其与法匹拉韦和瑞德西韦的配合物均在模拟结束时达到稳定并收敛。RdRp及其与法匹拉韦或瑞德西韦配合物的配合物的平均RMSD均低于2 Å，值分别为1.18、1.23和1.01。在HCoV-NL63 RdRp受体和配体复合物模拟中，在440 ps和980 ps的模拟下观察到法匹拉韦复合物的轻微波动。然而，受体和复合物在模拟结束时达到了稳定性并收敛。HCoV-NL63 RdRp及其与瑞德西韦或法匹拉韦复合物的平均RMSD也低于2 Å，值分别为1.37、1.40和1.34。综上所述，我们的模拟表明，法匹拉韦和瑞德西韦可以与SARS-CoV-2和HCoV-NL63 RdRp结合并稳定相互作用。
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