副作用是CAR-T治疗方面不得不提及的一个问题。最让人头疼的就是细胞因子风暴（cytokine release syndrome, CRS），也是CAR-T 技术在临床应用中一个最主要的不良反应。由于T细胞大量增殖，导致细胞因子释放出来，引起机体出现发热或发烧，肌痛，低血压，呼吸衰竭等症状。这些不良反应便是CRS。Kymriah的上市无疑给众多病患带来了曙光，然而其劣根性在于，CAR-T治疗也会引起 CRS 这一不容忽视的副作用。
幸运的是，而针对CAR-T细胞回输引起的细胞因子风暴，临床上可以利用IL-6受体拮抗药物进行治疗。市场上也有一些针对CRS的检测工具，可以及时监测到CRS的发生。
还有一个副作用是靶向细胞毒性。由于CAR-T抗原的靶向性非常强，无法区分表达相应抗原的肿瘤细胞和正常细胞，因此CAR-T都会攻击表达相应抗原的肿瘤细胞和正常细胞。比如，针对CD19的CAR-T细胞治疗，导致B细胞发育不良，靶向HER2的CAR-T细胞会导致其他组织或器官遭受攻击，如心肺系统毒性。这方面的解决办法就是设计针对性强的CAR，尽可能减少CAR-T损伤正常组织。
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