手术切除联合甲磺酸伊马替尼片治疗是当前可切除GIST 肝脏转移的最佳治疗手段，对于无法接受手术切除者，长期的酪氨酸激酶抑制剂治疗，也可以提高无进展生存期和（或）总生存期。应用伊马替尼治疗后，病人可表现3 种疾病状态：稳定、局部进展和广泛进展。研究表明，稳定状态的病人术后无进展生存时间明显长于进展者，但稳定状态病人术后的总存活率与局部进展者差异无统计学意义，但明显优于广泛进展者。疾病进展多因伊马替尼耐药所致，大部分伊马替尼治疗有效的病人在2 年左右会出现继发耐药。
因此，在接受伊马替尼治疗后呈稳定状态的病人应选择合适的时机，进行手术治疗，完整切除肿瘤；对于出现耐药病灶、局部进展者可一期切除所有耐药、进展的病灶，若病人情况允许，也可将非进展肿瘤病灶一次性切除。对于适合手术治疗的复发病人，术前必须进行详细的影像学评估，增强CT是首选的检查方式之一。但是，单纯CT检查倾向于低估腹腔内肿瘤的浸润程度，必要时术前行腹腔镜探查以进一步明确肿瘤的范围。
近年来研究发现，GIST对PET⁃CT成像比较敏感，对于原发灶和转移灶的显示都非常理想。另外，通过对比病灶对氟化脱氧葡萄糖（18FDG）的摄取，PET能较早地反映药物治疗的效果。综上所述，对伊马替尼继发耐药的复发和转移的晚期GIST，选择手术切除复发和转移灶（特别是耐药病灶）联合靶向治疗为主的多学科治疗模式，参考肿瘤的基因状态，通过选择合适的手术和用药时机、合适的药物及剂量，进行个体化治疗，病人可取得较好的治疗效果和生存质量。
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