手术是局限性GIST的主要治疗手段，而对于转移复发或不可切除的GIST，则以全身治疗为主，但GIST对化疗不敏感，格列卫的问世，开启了GIST的靶向治疗时代，改善了大多数患者长期以来治疗困难的局面。但格列卫的应用也带来了新的问题，即格列卫耐药。过去10多年间，业界进行了诸多探索，截至目前，除格列卫外，又上市了两个新药——舒尼替尼和瑞戈非尼，这两个药物可在一定程度上克服格列卫耐药。格列卫的耐药机制包括一些外显子突变，舒尼替尼和瑞戈非尼则分别有自身的一些优势，能够克服格列卫耐药后的基因突变。此外，目前还有很多在研药物正在进行临床研究。
对于格列卫耐药的患者，首先需要探寻其耐药机制，根据耐药机制选择不同的药物。格列卫耐药的最常见耐药机制是继发基因突变，即在原来基因突变的基础上，出现一个新的基因突变。常见继发突变包括外显子13和外显子17突变，外显子13突变患者首选舒尼替尼，研究证明该类患者对舒尼替尼治疗最为敏感，2017版《中国胃肠间质瘤诊断治疗共识》中，舒尼替尼作为二线治疗推荐，用于格列卫治疗进展或不耐受的GIST；外显子17突变，可以考虑瑞戈非尼治疗。
2017版《中国胃肠间质瘤诊断治疗共识》中，瑞戈非尼尚处于三线治疗地位。目前，舒尼替尼已经入国家医保目录，虽然说这对部分格列卫耐药的GIST患者来说意义重大，大大减轻了患者的经济负担。不过舒尼替尼和瑞戈非尼都有仿制药上市，在价格上，拥有绝对优势，不论是格列卫耐药后出现外显子13突变还是外显子17突变，患者都可采用仿制药进行后续治疗，而这两款仿制药的疗效也已得到众多患者的认可。
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