在靶向药物的选择上，目前共有三代药物，因为ROS1融合与ALK融合在空间结构上相似，所以很多对ALK有效的靶向药对ROS1也有效。目前有的几个ROS1的抑制剂都属于涵盖ALK和ROS1两个位点的药物。对药物的选择，一线药物是克唑替尼，针对克唑替尼，最早有很多的临床研究，后来也有了一系列的大样本数据，包括中国人的数据。相对而言，ROS1阳性患者一线是用克唑替尼的整体有效率比较高，能达到80%，患者的中位PFS也能达到19个月，很多患者在服用克唑替尼一年多后才可能会产生耐药。
克唑替尼的常见副反应包括肝功能损伤及引起色差、视觉拖尾、飞蚊症等，所以服用克唑替尼的患者可能会影响到色觉判断，不宜开车。其他的副作用还有窦性心动过缓，会影响到QTC间期，少数患者可能会出现胃肠道反应、组织间隙水肿如下肢水肿等。另外，服用克唑替尼时注意不要掰开来吃，掰开后服用会造成短时间药物的快速吸收，引起中毒。鉴于以上副反应，在服用克唑替尼时，需要定期检查血常规、肝功能，尤其是服药前有肝功能损伤、肝炎病史的患者需要密切随访观察。
其次是注意色觉判断，如果出现色觉异常，或在光线不好时出现拖尾症状，患者也不必过度紧张，这一症状是可逆的。如果患者服药过程中出现胸闷、气短、头晕、乏力等心动过缓症状，需要进行心电图检查，如果诊断为窦性心动过缓，要及时就诊，考虑停药或口服心脏类药物。针对ROS1融合/突变的第二代靶向药物有塞瑞替尼，最新的药物数据显示，布加替尼对ROS1也有一定的抑制作用。
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